หนึ่งในประเด็นที่หลายฝ่ายเคลือบแคลงสงสัยมากที่สุด ก็คือเรื่องแผนที่ ที่กัมพูชาใช้แนบคำฟ้องก่อนที่ศาลโลกจะตัดสินคดีปราสาทพระวิหารในปี 2505 ซึ่งแผนที่ดังกล่าวก่อให้เกิดกรณีพิพาทใหม่ขึ้นมา นั่นก็คือเรื่องพื้นที่ทับซ้อน 4.6 ตารางกิโลเมตร ที่ไทยมองว่า เป็นสิ่งที่อยู่นอกเหนือจากคำตัดสินของคดีเก่า รายละเอียดของแผนที่ที่ว่านี้เป็นอย่างไร และทำไมจึงเกิดข้อพิพาทใหม่ระหว่างไทยกับกัมพูชาในช่วง 6 ปีที่ผ่านมา

การที่กัมพูชายื่นขอให้ศาลโลกวินิจฉัยว่า ไทยต้องเคารพดินแดนของกัมพูชา ซึ่งหมายถึงดินแดนพื้นที่ปราสาทพระวิหาร และบริเวณใกล้เคียง ที่ถูกกำหนดตามแผนที่ภาคผนวก 1 หรือแผนที่มาตราส่วน 1 : 200,000 ระวางดงรัก ซึ่งนำมาซึ่งข้อถกเถียงของฝ่ายไทยที่มองว่า แผนที่ฉบับดังกล่าว เป็นความเข้าใจของกัมพูชาเอง และไม่ตรงกับที่กัมพูชาเคยอ้างไว้ เมื่อครั้งที่ศาลโลกได้ตัดสินให้ปราสาทพระวิหารเป็นพื้นที่ภายใต้อธิปไตยของกัมพูชา ตั้งแต่ปี 2505 อีกทั้ง แผนที่ 1 : 200,000 ก็มีสภาพเป็น "แผนที่แนบคำร้อง" ไม่ใช่ "แผนที่แนบคำตัดสิน" ตามที่หลายฝ่ายเข้าใจ

การกล่าวอ้างถึงแผนที่ข้างต้น ทำให้ใครหลายคนสงสัย ว่าแผนที่ที่ว่านี้คืออะไรกันแน่ และก่อให้เกิดข้อพิพาทในยุคปัจจุบันระหว่างไทยกับกัมพูชา ในกรณีปราสาทพระวิหารอย่างไร

แผนที่ 1 : 200,000 หรือแผนที่ภาคผนวก 1 คือแผนที่ที่กัมพูชาใช้แนบคำฟ้อง ก่อนการตัดสินคดีปราสาทพระวิหารของศาลโลก ในปี 2505 ซึ่งก่อนหน้านี้ ไทยและกัมพูชาไม่เคยมีปัญหาในเรื่องการตีความคำตัดสินในคดีเดิม เพราะไทยได้ปฏิบัติตามคำตัดสินทุกประการ ทั้งการถอนกำลังทหารและตำรวจออกจากพื้นที่ปราสาทพระวิหาร และบริเวณใกล้เคียง ตามขอบเขตที่กำหนด ตามมติคณะรัฐมนตรีวันที่ 10 กรกฎาคม 2505 ซึ่งสอดคล้องกับขอบเขตของพื้นที่พิพาทในคดีเดิม ตามความเข้าใจของคู่ความและของศาล โดยไทยได้นำรั้วลวดหนามไปตั้งแสดงอาณาเขตไว้แล้ว และกัมพูชาไม่เคยแสดงท่าทีคัดค้านตลอดมา

แต่ในช่วง 5-6 ปีมานี้ กัมพูชาต้องการขึ้นทะเบียนปราสาทพระวิหารเป็นมรดกโลก จึงเกิดข้อพิพาทเรื่องเส้นเขตแดนขึ้นมาใหม่ ที่อยู่นอกเหนือจากขอบเขตของคดีเก่าเมื่อปี 2505  รวมทั้งการถ่ายทอดเส้นแผนที่ 1 : 200,000 ของกัมพูชาในปัจจุบันก็ไม่ถูกต้อง จึงกลายเป็นที่มาของ "พื้นที่อ้างสิทธิทับซ้อน" ขนาด 4.6 ตารางกิโลเมตร หรือประมาณ 3,000 ไร่ ซึ่งถือเป็นเรื่องใหม่ ที่เกิดจากการที่กัมพูชาขึ้นทะเบียนมรดกโลกปราสาทพระวิหารเพียงฝ่ายเดียว

โดยนับตั้งแต่ที่ศาลโลก ตัดสินคดีความในปี 2505 ศาลโลกได้ระบุไว้อย่างชัดเจนว่า ให้ไทยถอนกำลังทหาร หรือตำรวจออกจากปราสาทพระวิหารหรือบริเวณใกล้เคียง และต้องคืนโบราณวัตถุที่ไทยได้โยกย้ายไปจากปราสาทพระวิหารคืนให้กับทางการกัมพูชา พร้อมกับย้ำว่า ปราสาทพระวิหารตั้งอยู่ในดินแดนภายใต้อธิปไตยของกัมพูชา หรืออาจจะสรุปได้โดยง่ายว่า ศาลโลกได้ตัดสินให้ปราสาทพระวิหารเป็นของกัมพูชา แต่ศาลโลกไม่ได้ตัดสินเรื่องเส้นเขตแดนระหว่างไทยและกัมพูชา และไม่ได้ตัดสินว่า เขตแดนจะต้องเป็นไปตามแผนที่ 1 : 200,000 ตามที่กัมพูชากล่าวอ้าง

ซึ่งไทยมองว่า การยื่นขอให้ศาลโลกตีความในครั้งนี้ เป็นเสมือนการยื่นอุทธรณ์ที่ซ่อนมาในรูปของคำขอตีความ โดยมีวัตถุประสงค์  ให้ศาลตัดสินในสิ่งที่ศาลได้ปฏิเสธที่จะตัดสินให้ตั้งแต่ปี 2505  คือเรื่องเส้นเขตแดนอยู่ที่ไหน และ แผนที่ที่กัมพูชาแนบไปกับคำฟ้อง หรือที่กัมพูชาเรียกว่า แผนที่ภาคผนวก 1 นั้น มีสถานะทางกฎหมายอย่างไร  เนื่องจากอยู่นอกขอบเขตคดี

ดังนั้น ไทยจึงเห็นว่า ศาลไม่มีอำนาจพิจารณา และไม่อาจรับคำขอของกัมพูชาได้ หรือหากว่าศาลจะรับขอให้ตีความ ก็ควรตัดสินว่า คำตัดสินในปี 2505 มิได้ตัดสินว่าเส้นเขตแดนเป็นไปตามแผนที่ภาคผนวก 1 อย่างที่กัมพูชาเข้าใจในปัจจุบัน