นักวิชาการไทยมองว่ากรณีพิพาทพื้นที่พระวิหารระหว่างไทยกับกัมพูชา เกิดจากการปะทะกันระหว่างกระแสชาตินิยมของสองปรเทศ พร้อมทั้งเสนอแนวทางแก้ปัญหานี้ โดยการยดให้พื้นที่ที่เป็นกรณีพิพาทเป็นมรดกโลกร่วมของอาเซียน
ความบาดหมางระหว่างประชาชนไทยและกัมพูชา ทั้งๆที่ทั้งสองเชื้อชาติมีความใกล้ชิดกันทั้งในด้านภูมิประเทศและศิลปวัฒนธรรมต่างๆ เป็นสิ่งที่รับรู้กันอย่างนัยๆมานาน และปะทุขึ้นมาเป็นการปะทะด้วยกำลังเป้นพักๆ ไม่ว่าจะเป็นเหตุการณ์เผาสถานทูตไทยที่กรุงพนมเปญเมื่อปี 2546 หรือการปะทะกันามชายแดนจากกรณีประท้วงารที่รัฐบาลกัมพูชาขอขึ้นทะเบียนปราสาทพระวิหารเป็นมรดกโลกเมื่อปี 2551 และล่าสุดก็คือความเคลื่อนไหวของกลุ่มชาตินิยมในไทย ก่อนการออกคำตัดสินของศาลโลกในกรณีพื้นที่รอบปราสาท
ในงานเสวนาอาเซียนว่าด้วยหัวข้อ "ปัญหาและทางออก มรดกโลกปราสาทเขาพระวิหาร" ซึ่งจัดโดยศูนย์มานุษยวิทยาสิรินธรและมูลนิธิโครงการตำราสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์ ศาสตราจารย์พิเศษชาญวิทย์ เกษตรศิริ ผู้เชี่ยวชาญด้านประวัติศาสตร์เอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ได้ให้ความเห็นว่าปรากฏการณ์ความเกลียดชังดังกล่าว เป็นการปะทะกันระหว่างชาตินิยมที่แตกต่างและสวนทางกันอย่างสิ้นเชิงระหว่างไทยกับกัมพูชา
โดยสำหรับไทย เป็นกรอบของชาตินิยมแบบราชาชาตินิยมผสมอมาตยาชาตินิยมที่เน้นประวัติศาสตร์การเสียดินแดนและการเรียกร้องดินแดนคืน ส่วนของกัมพูชา เป็นชาตินิยมที่เน้นปราสาท ถือว่าปราสาทเป็นสัญลักษณ์ความรุ่งเรืองของอารยธรรมขอม รากเหง้าที่ชาวกัมพูชาภาคภูมิใจ กัมพูชาจึงไม่สามารถเสียปราสาทได้ ในขณะที่ไทยเองก็ไม่ยอมเสียดินแดนเช่นกัน
นอกจากนี้ ศาสตราจารย์ชาญวิทย์ยังกล่าวอีกด้วยว่า เรื่องของพระวิหารที่บานปลายเป็นปัญหาข้ามศตวรรษมาจนถึงปัจจุบัน เป็นเพราะนักการเมืองของทั้งสองประเทศใช้เรื่องนี้สร้างความชอบธรรมในการเมืองภายใน โดยนายฮุน เซน นายกรัฐมนตรีกัมพูชา ใช้เรื่องนี้เป็นประเด็นหาเสียงจนได้รับชัยชนะเป็นประวัติการณ์ ส่วนในประเทศไทยความขัดแย้งระหว่างกลุ่มอำนาจเก่าและใหม่ในไทยยุคหลังรัฐประหาร ทำให้เรื่องนี้ถูกหยิบยกขึ้นมาเป็นประเด็นและสร้างความแตกแยกอย่างลึกซึ้งระหว่างประชาชนสองขั้ว
สำหรับทางออกของปัญหาพระวิหารที่ดีที่สุดสำหรับทุกฝ่าย ศาสตราจารย์ชาญวิทย์เสนอว่าควรจะเป็นการให้พื้นที่ปลอดทหาร 17 ตารางกิโลเมตรรอบปราสาท เป็นพื้นที่มรดกโลกร่วมของอาเซียน เพื่อให้ทั้งไทยและกัมพูชาได้พัฒนาพื้นที่พิพาทร่วมกัน
แต่สิ่งที่น่ากังวลก็คือข้อเสนอนี้จะเป็นไปได้มากน้อยเพียงใด หากโอกาสที่เป็นไปได้สูงก็คือกัมพูชาจะชนะคดีในศาลโลก ซึ่งก็หมายความว่าพื้นที่ดังกล่าวจะตกเป็นของกัมพูชาอย่างชอบธรรม โดยไม่ต้องมาพัฒนาร่วมกับใคร ไม่ว่าจะเป็นไทยหรืออาเซียน
