ระบบรถไฟที่แตกต่างกันระหว่างไทยและมาเลเซีย ที่ด่านศุลกากรปาดังเบซาร์ จังหวัดสงขลา คือสิ่งที่สะท้อนถึงอุปสรรคในการพัฒนาพื้นที่เขตเศรษฐกิจพิเศษของไทย ที่กำลังจะเกิดขึ้น ปัญหานี้กำลังทำให้ไทยกำลังตามหลังมาเลเซียหรือไม่

ภาพการเข้าคิวของรถบรรทุก ของด่านศุลกากรปาดังเบซาร์ จังหวัดสงขลา สามารถเชื่อมต่อไปยังทางถนน ระหว่างตำบลปาดังเบซาร์ และรัฐเปอร์ลิส ของประเทศมาเลเซีย และทางรถไฟจากปาดังเบซาร์ - บัตเตอร์เวอร์ธ และสามารถเชื่อมต่อสู่สิงค์โปร์ เพราะใกล้ท่าเรือปีนังและท่าเรือกลางของมาเลเซีย 177 กิโลเมตร ที่มีความแตกต่างระหว่างเส้นทางรถไฟร่วมปาดังเบซาร์ระหว่างไทยและมาเลเซีย คือภาพสะท้อนของด่านศุลกากรปาดังเบซาร์ในปัจจุบัน ที่จะเป็นพื้นที่เขตเศรษฐกิจพิเศษในจังหวัดสงขลาอีกแห่งหนึ่ง 

ปัญหาทางรถไฟระหว่างไทยและมาเลเซียของด่านปาดังเบซาร์ ที่ไทยยังเป็นรถไฟรางเดี่ยว ส่วนมาเลเซีย มีรถไฟทางคู่ และระบบรถไฟฟ้ามารองรับการพัฒนารถไฟจากประเทศไทยแล้ว ขณะที่มาเลเซียมีความเร็วรถไฟ 80 -120 กิโลเมตรต่อชั่วโมง ส่วนไทยอยู่ที่ 30-50 กิโลเมตร และมาเลเซียมีรถไฟขนส่งสินค้า 5 ขบวน ขนส่งตู้สินค้าขนาดเล็กได้ 300 ตู้ต่อวัน หรือกว่าร้อยละ 80 ของสินค้าที่ผ่านด่านแห่งนี้

ขณะที่ด่านศุลกากรปาดังเบซาร์ ได้ติดตั้งเครื่องเอ็กซ์เรย์ถาวร ที่มีความสะดวกในการตรวจสอบรถบรรทุก ก่อนยกขึ้นตู้ขบวนสินค้าที่สถานีรถไฟปาดังเบซาร์ จากปัจจุบันต้องใช้เจ้าหน้าที่และมีขั้นตอนการตรวจจำนวนมาก ที่จะแล้วเสร็จภายในปีนี้ รวมทั้งการปรับปรุงด่านให้เป็นสากล โดยแยกระหว่างการขนส่งคนและขนส่งสินค้า และอนาคตคือการสร้างเครื่อตรวจคร่อมทางรถไฟ โดยไม่ต้องยกตู้ขนสินค้ามาเชื่อมต่อ หากระบบรถไฟของทั้ง 2 ประเทศมีการพัฒนาในระบบเดียวกัน 

ด่านปาดังเบซาร์ และด่านสะเดา ในจังหวัดสงขลาของไทย คือตัวอย่างที่สะท้อนถึงการพัฒนาที่แตกต่างกับมาเลเซีย ที่เตรียมพร้อมการรองรับการค้าชายแดน และเป็นเขตเศรษฐกิจพิเศษของประเทศที่เตรียมการวางแผนล่วงหน้ามาก่อนไทย ดังนั้นเขตเศรษฐกิจพิเศษของไทย รวมทั้งพื้นที่การค้าชายแดน จึงไม่ใช่การกำหนดการพัฒนาจากทางการของไทยเท่านั้น แต่ต้องเป็นความร่วมมือและก้าวให้ทันกับประเทศเพื่อนบ้าน ที่เป็นทั้งคู่ค้าและประเทศคู่แข่งทางเศรษฐกิจในภูมิภาค ไม่เช่นนั้น การพัฒนาของไทย อาจเป็นการพัฒนาที่แค่เดินตามให้ทัน ก่อนที่โอกาสทางเศรษฐกิจจะสายเกินไป