จากกรณีที่กรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีอเอสไอ) ดำเนินคดีฟอกเงินกับ มูลนิธิมหารัตนอุบาสิกาจันทร์ขนนกยูง ในพระอุปถัมภ์พระราชภาวนาวิสุทธิ์ (พระธัมมชโย) และกรรมการมูลนิธิฯ ที่ได้รับเงินจำนวน 125 ล้านบาทจากนายศุภชัย ศรีศุภอักษร กับพวก ซึ่งร่วมกันยักยอกและฟอกเงินสหกรณ์เครดิตยูเนี่ยนคลองจั่น จำกัด ปรากฏว่า เงินจำนวนดังกล่าวถูกนำไปใช้ก่อสร้างอาคาร 100 ปีคุณยายอาจารย์ฯ (อาคารทรงลูกโลก), มหารัตนวิหารคด (อาคารสี่เหลี่ยม 2 ชั้น โอบล้อมมหาธรรมกายเจดีย์) และอาคารเวิลด์พีชวัลเลย์ เขาใหญ่ 

ดังนั้น สำนักงานป้องกันและปราบปรามการฟอกเงิน (ปปง.) จึงได้ทำการอายัดไว้ ขณะนี้คดีอยู่ระหว่างการพิจารณาในชั้นศาล หากศาลมีคำสั่งให้ทรัพย์ตกเป็นของแผ่นดิน ก็อาจขายทอดตลาด แล้วนำเงินมาชดใช้ให้ผู้เสียหาย หรือให้ส่วนราชการเข้าใช้ประโยชน์ ส่วนคดีของนายอนันต์ อัศวโภคิน ที่เกี่ยวข้องกับอาคารบุญรักษา (ใช้รักษาอาการอาพาธ) ดีเอสไอยังสอบสวนอยู่ ซึ่งต้องให้ฝ่ายผู้ถูกกล่าวหาชี้แจง

พระมหานพพร ปุญฺญชโย รองผู้อำนวยการสำนักสื่อสารองค์กร วัดพระธรรมกาย กล่าวว่า ขณะนี้อาคาร 100 ปีคุณยายอาจารย์ฯ ยังอยู่ระหว่างการก่อสร้าง และตกแต่งภายใน แต่โครงสร้างส่วนใหญ่เสร็จสมบูรณ์แล้ว ทางวัดฯ ยังคงใช้ประโยชน์จากพื้นที่ภายในอาคารฯ ซึ่งเข้ามาใช้ก่อนการอายัด ทั้งเป็นสำนักงาน, โรงเรียนพระปริยัติธรรม, ห้องสมุด, ห้องปฎิบัติธรรม และห้องฉายภาพยนตร์เผยแผ่ธรรมะ โดยได้รับอนุญาตจากมูลนิธิมหารัตนอุบาสิกาจันทร์ขนนกยูงฯ 

ส่วนเรื่องการอายัดอาคารหลังนี้ ฝ่ายกฎหมายกำลังรวบรวมหลักฐานให้ศาลพิจารณา แต่เมื่อปรากฏข่าวออกมาว่า อาคารฯ ถูกอายัด ก็ทำให้ศิษยานุศิษย์ตกใจ และเป็นกังวล เพราะหลายคนร่วมบริจาคเงินก่อสร้างอาคาร เพื่อใช้เป็นสถานที่เผยแผ่พระพุทธศาสนา (ไม่ใช่แค่เงินบริจาคของนายศุภชัย ศรีศุภอักษร เพียงรายเดียว) แต่เมื่อรู้ว่า ทางวัดฯ ยังคงใช้อาคารได้อยู่ ก็อุ่นใจขึ้น เช่นเดียวกับ 'มหารัตนวิหารคด' ที่ยังคงใช้จัดกิจกรรมอย่างต่อเนื่อง

ทั้งนี้ พระมหานพพร ยังชื่นชมศิษยานุศิษย์ ที่ยังมีจิตใจเข้มแข็ง แม้ 'พระไชยบูลย์ ธมฺมชโย' หรือ หลวงพ่อธัมมชโย อดีตเจ้าอาวาสวัดพระธรรมกาย จะไม่ได้จำวัดแล้ว